En su breve paso por el cuadro paulista, al guardameta chileno le correspondió actuar en la Libertadores 2006, enfrentando por el grupo 4 a Universidad Católica, Tigres y Deportivo Cali. En el segundo pleito ante los cruzados, los pupilos de Jorge Pellicer se pusieron en ventaja tempranamente en San Carlos de Apoquindo, a los tres minutos, con un tanto de Jorge Polo Quinteros luego de un dificultoso lanzamiento de esquina de Francisco Arrué. Después, a los 23 y a los 37, Carlos Tevez y Nilmar anotaron para el Timão frente a José María Buljubasich y más tarde, a los 38, Pancho Arrué marcó la transitoria igualdad con un tiro libre que rozó en un defensor brasileño y engañó a Johnny Herrera. A los doce y a los 29 de la segunda mitad, Wendell y Gustavo Nery fueron expulsados, no pudiendo el local capitalizar aquella ventaja. Y a los 31 minutos, Nilmar anotó su segunda conquista personal y el triunfo del rudo visitante. Días después, el conjunto chileno perdió 1-0 con Tigres en Nuevo León, clasificando en definitiva Corinthians y los mexicanos a la segunda fase: por diferencia de gol, avanzaron los aztecas, que sumaron 10 unidades junto con la UC.